После вступления Чехии в ЕС она оказалась внутри Европейского Союза, не имея общих границ со странами, не входящими в него. Чешским таможенникам на пограничных переходах заметно убыло работы. Теперь их усилия направлены на таможенный контроль внутри страны: за передвижением международных грузов по автодорогам (раньше это контролировалось в пределах 20 км от границы), товарами на вещевых рынках и соответствующих складах.

В связи с этим владельцам азиатским вещевых рынков, распространенных в основном в крупных городах и в приграничье, но и являющихся непременным атрибутом любого чешского городка, приходится особенно туго. Товары без документов, снабженные поддельными этикетками известных фирм, сигареты без акцизных марок, пиратские компакт-диски конфискуются на миллионы и вывозятся с рынков грузовиками.

Мало того, таможенники стали контролировать на рабочих местах законность трудоустройства иностранцев: наличие разрешения на работу, вид визы, трудовой договор и т.п. Полученную информацию они будут передавать Полиции по делам иностранцев и Отделам по трудоустройству.

Проверяет таможня и наличие национальных наклеек на иностранных автомобилях, выполнение водителями-дальнобойщиками положенного режима работы и отдыха. В число их обязанностей входит сбор сведений о внешней торговле. Фирмы, которые вывозят за границу товар на сумму более 4 млн. крон или ввозят из-за границы товар на сумму более 2 млн. крон, обязаны каждый месяц информировать об этом таможенные органы.